1553-ban Castaldo kivonult Erdélyből, helyére az egri hős, Dobó István érkezett vajdaként, mellette Kendi Ferenc lett az alvajda. Ferdinánd tárgyalásokat kezdeményezett a Portával. Erdélyben Dobó alatt nyilván nem a török-orientáció vált elsődlegessé, aminek folytonos török fenyegetés lett a vége. 1555. decemberében végül az országgyűlés újra Ferdinándhoz fordult segítségért. Ugyanezen gyűlés azonban – be sem várva Ferdinánd válaszát – Balassa Menyhértet főkapitánnyá választotta, és a teljes erdélyi haderőt rábízta. Ezzel nemcsak Dobó István vajdasága szűnt meg, hanem nyílt szakítás is volt Ferdinánddal, melyet a Balassa által összehívott 1556. januári országgyűlés szentesített. 1556. június 14-én Ferdinánd lemondott Erdélyről, s tette ezt a török szultánnak írott levelében, miközben Khádim Ali budai pasa már május óta Szigetvárt ostromolta.

1556. szeptemberében II. János és Izabella visszatért Erdélybe. 1559-ig Izabella kormányzott, annak ellenére, hogy II. János már 1554-ben elérte a „törvényes kort”, és legkésőbb 1558-ban nagykorúsítani lehetett volna. Folytonos háború dúlt a Felső-Tiszavidéken, melyben egyik fél sem jutott számottevő előnyökhöz. Az 1565-ös szatmári béke zárja le ezt a polgárháborút, bár Szamosújvár – Dobó István parancsnoklásával – novemberig, Várad pedig a következő áprilisig kitartott Ferdinánd mellett.

1562 Erdély szempontjából „fekete év” volt: március 4-én Báthori István vereséget szenvedett Hadad városánál Zay és Balassa seregeitől, a nyáron pedig kitört a székely lázadás. Ez utóbbit Báthori leverte, majd a török hadjárat közeledte ürügyével békét kért Ferdinándtól. A székely lázadás sem a székelyek, sem az uralkodói tekintély szempontjából nem járt előnyökkel: a székelyek véglegesen elvesztették kollektív kiváltságaikat és székeiket betagozták a vármegyékbe, II. János pedig a külső és belső sikertelenség miatt ekkortól – megfelelő kárpótlás fejében – hajlandó lett volna lemondani a rex electus címről.

(Forrás: Wikipédia)