Erdély volt a háború legfontosabb mellékhadszíntere. Az Erdélyi Fejedelemség 1595-től vett részt a háborúban. Ebben az évben a fejedelem - Báthory Zsigmond - eleinte alig több mint 15 ezer embert tudott fegyverbe szólítani, ezért szeptember 15-én kénytelen volt a jobbágysorsba sülyesztett közszékelyeket felszabadítani, így szerezve meg támogatásukat. Ennek a lépésnek köszönhetően mintegy 25 ezer székely férfi is csatlakozott a fejedelmi sereghez, így 40 ezer főnyi sereggel tudott elindulni a szorongatott helyzetben levő Vitéz Mihályhavasalföldi vajda segítségére. A havasalföldi - erdélyi seregek Gyurgyevónál vereséget mértek a törökökre, közben egy másik erdélyi sereg Borbély György vezetésével elfoglalta Lippátés Borosjenőt.

Zsigmond azonban alig hogy hazatért a hadjáratból visszavonta a közszékelyek számára kiadott oklevelet, ezért 1596. tavaszán felkelés tört ki (véres farsang), amelyet azonban a fejedelem katonái vérbe folytottak. Ez után azonban Báthory többet nem számíthatott a székelyek segítségére, ezért az abban az évben indított vállalkozásai rendre kudarcba fulladtak. Az amúgy is labilis idegrendszerű Báthory ezért megegyezett Rudolf császárral, hogy birtokokért cserében a Habsburg Birodalmon belül lemond az erdélyi trónról, amit 1598-ban meg is tett, de rövid idő múlva meggondolta magát és visszatért a trónra, de egy év múlva újra lemondott unokabátyja, Báthory András javára, majd kiköltözött Lengyelországba.

Báthory András megpróbált békét kötni a törökökkel, úgy hogy a Habsburgokkal is megtartsa a jó viszonyt, ugyanakkor viszont az ország védelmének érdekében véd- és dacszövetséget kötött a Havasalföld és Moldva uralkodójával is. Időközben azonban Rudolf megegyezett Mihály vajdával Báthory eltávolításában. Enek érdekében 1599 őszén Mihály hadüzenet nélkül megtámadta Erdélyt. A fejedelem sebtében összeszedte seregét majd kivonult a román sereg ellen, de október 28-án a sellenberki csatában vereséget szenvedett. A fejedelem néhány hűséges embere kíséretében megpróbált Lengyelországba menekülni, de Csíkszentdomokos mellett, a Pásztorbükkön az Ördög Balázs vezette székelyek meggyilkolták.

Mihályt az oldalán álló székelyek és szászok 1600 elején megválasztották fejedelemnek, Rudolf császár azonban csak mint Erdély kormányzóját volt hajlandó elismerni. Habár kezdetben az erdélyi főrendek is mellette álltak, hamar elidegenítette őket magától, azzal, hogy román bojárokat helyezett minden tisztségbe és a várak élére is saját híveit állította. Egyedül a székelyek tartottak ki mindvégig hűségesen mellette, mivel felszabadította őket a jobbágyi függés alól és külön hadsereget szervezett belölük. Uralkodása alatt teljesen kifosztotta az állami kincstárat, aminek eredményeként nem tudta zsoldosait fizetni, akik ezért rabolni, fosztogatni kezdtek. A pénzügyi helyzet orvoslása végett megtámadta és elfoglalta Moldvát is, de hamarosan kiderült, hogy Moldva sincs rózsás helyzetben. Az uralkodásával elégedtlen nemesség fellázadt és Báthory Zsigmondot hívta vissza a fejedelemségbe, akit Rudolf császár parancsára Giorgio Basta kassai főkapitány is segített. Mihály seregét a miriszlói csatában legyőzték, ő pedig egyelőre kénytelen volt elmenekülni.

Zsigmond azonban csalódást okozott Rudolf számára, mivel az addigi politikáját feladva tárgyalásokat kezdeményezett a törökökkel, amiért ezúttal Basta és Mihály összefogtak és a goroszlói csatában megverték csapatait, őt magát pedig újra, ezúttal végleg száműzetésbe kényszerítették.

Basta ezt követően jobbnak látta, ha megszabadul Mihálytól, ezért 1601. augusztus 19-én vallon zsoldosaival meggyilkoltatta. Ezután ő lett Erdély tényleges ura, mint Rudolf császár megbízottja. Az országban rémuralmat vezetett be, zsoldosai szabadon garázdálkodtak. Ez ellen tört ki a Székely Mózes vezette felkelés, 1603-ban. A felkelők között ott volt a későbbi erdélyi fejedelem, Bethlen Gábor is. A felkelők március végén lendültek támadásba török-tatár segédcsapatokkal megerősítve, Temesvárról kiindulva. Április 15.-re már Segesvár, Háromszék és a Partiumkivételével egész Erdélyt sikerült elfoglalnia. Május 9-én az országgyűlés fejedelemmé választotta.

A Habsburgok megpróbáltak békét kötni vele, de ő a béke ajánlatot elutasította. Ekkor azonban a Habsburgoknak sikerült mozgósítaniuk szövetségesüket, Radu Şerban havasalföldi vajdát, aki délről támadt Erdélyre, majd Brassó mellett szétverte Székely Mózes seregét, a csatában a fejedelem is elesett.Basta ezt követően jobbnak látta, ha megszabadul Mihálytól, ezért 1601. augusztus 19-én vallon zsoldosaival meggyilkoltatta. Ezután ő lett Erdély tényleges ura, mint Rudolf császár megbízottja. Az országban rémuralmat vezetett be, zsoldosai szabadon garázdálkodtak. Ez ellen tört ki a Székely Mózes vezette felkelés, 1603-ban. A felkelők között ott volt a későbbi erdélyi fejedelem, Bethlen Gábor is. A felkelők március végén lendültek támadásba török-tatár segédcsapatokkal megerősítve, Temesvárról kiindulva. Április 15.-re már Segesvár, Háromszék és a Partiumkivételével egész Erdélyt sikerült elfoglalnia. Május 9-én az országgyűlés fejedelemmé választotta.

A fejedelem holttestét Michael Weiss brassói bíró titokban temette el a saját kertjében. Erdélyben Basta zsoldosai garázdálkodtak tovább, büntetetlenül a Bocskai-felkelés sikeréig.

(forrás wikipédia)