János Zsigmond halála után a speyeri egyezmény értelmében Erdélynek Miksa uralma alá kellett volna kerülnie (ebben az esetben Bekes Gáspár lehetett volna a vajda), ugyanakkor II. Szelim szultán is kiállította azt az okmányt (athname), amely megnevezte az új fejedelmet. Az erdélyi rendek a kritikus helyzetben gyűlést hívtak össze, és 1571. május 25-én a gyulafehérvári országgyűlés egyhangúlag fejedelemmé választotta az ország leghatalmasabb főurát, Báthory Istvánt. Az athnamét csak ezután hirdették ki (ott is az ő neve szerepelt…), ugyanakkor a fejedelem, mint erdélyi vajda, titokban hűséget esküdött Miksának is. A törököket csak az érdekelte, hogy a Királyi Magyarország és Erdély ne kerüljön egy kézbe, ezért volt jobb jelölt Báthory, mint a Habsburg-párti Bekes, és ezért járultak hozzá 1572-ben Báthory fejedelemségének örökletessé tételéhez. Miksa ugyan szívesen elfoglalta volna Erdélyt, de emiatt, 3 évvel a drinápolyi béke után, nem kockáztathatott meg egy törökellenes háborút, így jó képet vágott Báthoryhoz, sőt úgy tett, mintha örülne is, hogy egy unitárius után egy katolikus lett a fejedelem.

A jó viszony azonban nem tartott sokáig: Miksa támogatta Bekes 1573-as Báthory-ellenes szervezkedését. A fejedelem azonban leszámolt ellenfeleivel: Bekes kénytelen volt Magyarországra menekülni, vára, Fogaras pedig családjával együtt Báthory kezébe került. Bekes azonban nem nyugodott: a Királyi Magyarország területéről hadsereget gyűjtött, Erdélyben pedig a székelyeket és a szászokat igyekezett fellázítani. Miksa a megüresedett lengyel trónra vágyott, amire Báthory is jelölt volt. Hogy kiüsse ellenfelét, Miksa támogatta Bekes erdélyi akcióját. A fejedelem végül 1575. július 8-án a kerelőszentpáli csatában végleg legyőzte ellenfelét, aki (miután Miksa persze megtagadta őt!) kénytelen volt Lengyelországba menekülni. Bekes elleni háborúban tűnt ki Székely Mózes, aki a radnóti és a kerelőszentpáli csatákban olyan vitézül harcolt, hogy a fejedelem megtette őt a fejedelmi testőrség parancsnokának. A fejedelem még a csatamezőn felakasztat 5 elfogott főurat, egy hónap múlva pedig országgyűlési jóváhagyással még 43 Bekes-pártit (köztük 7 főurat) végeztet ki. A csatában került fogságba a költőBalassi Bálint is, akit a fejedelem 1577-ig az udvarában tart. A győzelemmel megszilárdul Báthory uralma (bár III. Murád török szultán Erdély éves adóját 10 000-ről 15 000 Ft-ra emeli), és a stabil Erdéllyel a háta mögött javul az esélye a lengyel trónra is.

Belpolitikájában a fejedelmi hatalom megerősítésére törekszik: felülvizsgálja a korábbi fejedelmi birtokadományokat, számba veszi az állami jövedelmeket, fejleszti a kereskedelmet és a bányászatot. Az erdélyi vallási türelmet ő sem bolygatja (ugyanakkor megtiltja a további újításokat), bár célja a katolicizmus erősítése a többségében protestáns fejedelemségben. 1579-ben Kolozsvárra telepíti a jezsuitákat, és mint vallási újítót, a dévai várbörtönbe záratja Dávid Ferenc unitárius püspököt. 1581-ben jezsuita kollégiumot alapít Kolozsváron, amely a mai Szegedi Tudományegyetem jogelődje. Udvarában Padovában végzett értelmiségiekkel veszi körül magát, innen indul például aWesselényiek és a Bethlenek felemelkedése is. Maga a fejedelem is kiváló politikai író, levelei stílusremekek. Érzékeny lélek lehetett, hiszen a zongora egyik ősén: virginálon játszott, amit saját szobájában tartott. Uralma idején volt az Erdélyi Fejedelemség első virágkora.

(forrás: wikipédia)